Boala Crohn poate afecta orice parte a sistemului digestiv, de la gură până la anus. Zonele unde apare inflamația au adesea aspect segmentar, existând secțiuni de intestin normal între segmentele afectate.
În stadiile incipiente, boala Crohn se poate manifesta sub forma unor leziuni roșii și ulcere aftoase albe cu contur roșu care apar pe suprafața interioară a intestinului. Cu timpul, ulcerele aftoase devin mai profunde și mai lungi (adevărate ulcerații). În etapele ulterioare, se produce îngroșarea peretelui intestinal, care poate cauza îngustarea lumenului intestinal.
Procesul inflamator afectează toate straturile peretelui intestinal, iar modificările apărute în stratul superficial al mucoasei intestinului reflectă activitatea din straturile profunde ale peretelui intestinal. În unele cazuri, inflamațiile și ulcerele se pot extinde complet prin peretele intestinal, creând un abces sau o fistulă, un pasaj sau tunel anormal care leagă o parte a intestinului de alta sau de organele din apropiere (piele, vezică etc.).
Boala Crohn se manifestă sub formă de pusee. O perioadă lipsită de manifestări ale bolii (remisiune) este urmată de perioade în care boala se activează, iar inflamația dă naștere simptomelor. Nu se poate stabili când debutează aceste perioade și nici nu există vreo cale de a anticipa dacă inflamația se va răspândi și dacă vor apărea și alte manifestări mai intense.
După cum putem vedea, boala Crohn nu prezintă probleme persistente și este o afecțiune cu particularități diferite de la un individ la altul. Fiecare pacient este afectat într-un mod diferit. Unii oameni au o evoluție ușoară a bolii, cu câteva complicații, și necesită tratament medicamentos numai în faza cea mai activă a bolii.
Alții prezintă progresia bolii caracterizată prin stricturi, abcese și fistule, care necesită terapie imunomodulatoare și/sau intervenție chirurgicală.